Organami Banku Spółdzielczego są:
- Walne Zgromadzenie
- Rada Nadzorcza
- Zarząd
Walne Zgromadzenie jest najwyższym organem Banku Spółdzielczego. Do wyłącznej właściwości WZ należy między innymi ukierunkowanie rozwoju działalności gospodarczej Banku oraz podejmowanie uchwał w sprawach organizacyjnych.
Rada Nadzorcza nadzoruje i kontroluje działalność Banku Spółdzielczego poprzez analizowanie przebiegu realizacji zadań powierzonych Zarządowi. Członków Rady Nadzorczej Banku Spółdzielczego w Karczewie w liczbie 7 osób będących członkami Banku wybiera na 4 letnią kadencję Walne Zgromadzenie.
Zarząd kieruje działalnością Banku i reprezentuje go na zewnątrz i składa się z 3 osób, w tym z Prezesa i dwóch Zastępców.